Das Johannes-Kepler-Gymnasium nimmt als eines von 10 sächsischen Gymnasien an der Umsetzung der Gemeinsame[n] Initiative von Bund und Ländern zur Förderung leistungsstarker und potenziell besonders leistungsfähiger Schülerinnen und Schüler teil, die am 10.11.2016 von der Kultusministerkonferenz beschlossen wurde. Im Rahmen der auf 10 Jahre angelegten Förderinitiative (2018-2027) entwickeln die beteiligten Schulen unter wissenschaftlicher Begleitung schulische und außerunterrichtliche Strategien und Maßnahmen zur Förderung leistungsstarker und potenziell besonders leistungsfähiger Schülerinnen und Schüler und transferieren diese Ergebnisse in die Praxis weiterer Schulen.
Das Gymnasium ist zudem als eines von fünf sächsischen Gymnasien am Projekt Karg Campus Sachsen (2020-2026) beteiligt. Es bildet zusammen mit dem Adelsberger Kinderhaus Eva Lu und der Grundschule Adelsberg ein Tridem in Chemnitz. Ziel des Projekts ist es, die bereits gefestigten Vernetzungsstrukturen von Schulen im gymnasialen Bereich um Einrichtungen der frühen Bildung und der Primarstufe zu erweitern. Das Projekt ist eine Kooperation zwischen der Karg-Stiftung und dem Freistaat Sachsen. Steuerung und Koordinierung des Projektes liegen bei der Beratungsstelle zur Begabtenförderung.
Die Schule ist Teil eines Netzwerks aus derzeit insgesamt zehn allgemeinbildenden Gymnasien, das aus dem Projekt GIFted (Gymnasiales Netzwerk Individuelle Förderung besonders begabter Schülerinnen und Schüler) hervorgegangen ist.
Die Schule gehört zum Netzwerk der Gymnasien, die für besonders begabte Schülerinnen und Schüler eine vertiefte mathematisch-naturwissenschaftliche Ausbildung anbieten (MINT-EC-Schule).
