Das Martin-Andersen-Nexö-Gymnasium gehört zum Netzwerk der Gymnasien, die für besonders begabte Schülerinnen und Schüler eine vertiefte mathematisch-naturwissenschaftliche Ausbildung anbieten.
Die Schule ist Mitglied im MINT-EC - dem nationalen Excellence-Schulnetzwerk mathematisch-naturwissenschaftlicher Schulen.